Προϊστορικές συλλογές, γλυπτική και χάλκινα αντικείμενα από τα αρχαϊκά μέχρι τα ρωμαϊκά χρόνια και στον πρώτο όροφο, τοιχογραφίες από τη Θήρα και η περίφημη συλλογή αγγείων.