Ο HPV μεταδίδεται κυρίως με τη σεξουαλική επαφή ή πιο σπάνια από την επαφή των γεννητικών περιοχών ή την επαφή των χεριών. Για τους λόγους αυτούς ακόμη και η συστηματική χρήση προφυλακτικού, αν και μειώνει τον κίνδυνο της λοίμωξης από τον HPV, δεν προστατεύει απόλυτα. Ο πιο αποτελεσματικός τρόπος προστασίας από τον HPV είναι ο εμβολιασμός.Το εμβόλιο έναντι του ιού HPV αποτελεί από 6ετίας εμβόλιο ρουτίνας για τα κορίτσια ηλικίας 12-15 ετών. Η ηλικία αυτή, και κατά προτίμηση η ηλικία των 12 ετών, είναι η περίοδος, όπου ολοκληρώνεται η σειρά των εμβολίων του Εθνικού Προγράμματος Εμβολιασμών. Το εμβόλιο προσφέρει μεγάλο όφελος και σε όσες από τις μεγαλύτερες γυναίκες έως 26 ετών, δεν έχουν προλάβει να εμβολιαστούν στην ηλικία των 12-15 ετών. Η χορήγηση του εμβολίου παρέχει προστασία και όφελος -αν και δεν αποζημιώνεται από το κράτος- και στις μεγαλύτερες γυναίκες που είναι έως 45 ετών.Όσον αφορά στον εμβολιασμό των αγοριών, που επίσης μπορεί να προσβληθούν από τον HPV, ο Ευρωπαϊκός Οργανισμός Φαρμάκων (ΕΜΑ) έχει εγκρίνει ήδη τον εμβολιασμό τους στην ηλικία από 9 έως 26 ετών. Ο εμβολιασμός των αγοριών δεν έχει ξεκινήσει κεντρικά στις περισσότερες ευρωπαϊκές χώρες, για λόγους κυρίως οικονομικούς, καθώς προτεραιότητα αποτελεί ο εμβολιασμός των γυναικών.