Μετά θάνατον πολλοί έλληνες βαφτίστηκαν μασόνοι απ την αδελφότητα για να αυξήσουν την αίγλη της στοάς. Δεν υπάρχει κανένα στοιχείο, υπογραφή ή μαρτυρία κάποιου ιστορικού ή άλλου σύγχρονου του Καποδίστρια πως ήταν μασόνος. Όπως άλλωστε και ο θοδωράκης Κολοκοτρώνης (διαδίδεται πως ήταν μασόνος) που έσφαξε ένα σκασμό Οβριούς στην Τρίπολη...θα τον κάναν και μασόνο κατόπιν;