Καταρχάς δεν ξέρουμε ακόμη πλήρως τις παρενέργειες των συγκεκριμένων θεραπειών, ενώ κάποιες παρενέργειες είναι σοβαρές. (Πρόσφατα έρευνα συνέδεσε αναστολέα ανδρογόνων με καρκίνο.) Σωστα, όπως ανέφερες σε πρώτη φάση (ηλικία 10-12) ετών η θεραπεία γίνεται με αναστολείς. Σε δεύτερη φάση (και μπορεί να γίνει σε εφήβους) για να αποκτήσει το άτομο τα δευτερευοντα χαρακτηριστικά του φύλου χορηγούνται ορμόνες. Των οποίων τις παρενέργειες γνωρίζουμε εν μέρει μόνο.