Με την απολογία του πατρός Αντώνιου συνεχίστηκε η δίκη ενώπιον του Τριμελούς Πλημμελειοδικείου για την κατηγορία της ηθικής αυτουργίας σε βαριές και απλές σωματικές βλάβες κ.ά., σε βάρος ανηλίκων, που καταλογίζονται σε επτά συγκατηγορουμένους του, εργαζόμενους σε δομές της ΜΚΟ.
Ο πατέρας Αντώνιος χαρακτήρισε «καθοδηγούμενες» τις καταγγελίες για σωματικές τιμωρίες και κακοποιητικές συμπεριφορές. Επίσης αρνήθηκε τις κατηγορίες που του αποδίδονται έπειτα από καταγγελίες παιδιών που φιλοξενήθηκαν σε σπίτια της Κιβωτού του Κόσμου, ισχυριζόμενος ότι η στόχευση ήταν να καταστραφεί το έργο της οργάνωσης.
Όπως χαρακτηριστικά ανέφερε, όλα όσα καταθέτουν εις βάρος του τα παιδιά «ανήκουν στην σφαίρα της φαντασίας». Σύμφωνα με τον κατηγορούμενο, η δημιουργία της Κιβωτού ήταν μία απόφαση αγάπης που πήρε με σκοπό να «θεραπεύσει το τραύμα» που κουβαλούσαν παιδιά που έβλεπε να είναι παραμελημένα.
«Πιστεύω ότι τα παιδιά καθοδηγήθηκαν από κάποιους για να κάνουν αυτές τις καταγγελίες. Εγώ τους συγχωρώ γιατί τα έχω μεγαλώσει, έχω κουραστεί, έχω κοπιάσει, έχω δώσει το είναι μου κι εγώ και η πρεσβυτέρα και οι άλλοι άνθρωποι της Κιβωτού. Σώσαμε επανειλημμένως τα παιδιά από φυλακές, βοηθήσαμε να σταθούν αυτά τα παιδιά και χρησιμοποιήθηκαν εναντίον μας για να μας καταστρέψουν, ενώ εμείς λειτουργούσαμε ως κυματοθραύστης […]. Οι καταγγελίες για εξαντλητικές εργασίες είναι στη σφαίρα της φαντασίας. Το ίδιο και οι καταγγελίες για τους ξυλοδαρμούς. Εγώ θα μπορούσα να δώσω τέτοιες εντολές; Είχα εγώ πειθήνια όργανα; Όλα αυτά έρχονται κόντρα στις αξίες μου και ως ιερέα και ως άνθρωπο, έρχονται κόντρα και στις αξίες της Κιβωτού» είπε ο ιερωμένος.
Ανέφερε επίσης πως δεν υπήρχαν ούτε τιμωρίες, ούτε εξαντλητικές εργασίες: «Ούτε εξαντλητικές εργασίες ούτε τίποτα. Όποιος ήθελε βοηθούσε. Τα παιδιά είχαν ένα καταπληκτικό πρόγραμμα, με εκδρομές και ταξίδια. Πάντοτε τα φέρναμε σε επαφή με το θέατρο, τη μουσική, σε επαφή με τη γη και τα ζώα. Όλα τα παιδιά είχαν το ζωάκι τους, τον κηπάκο τους, φύτευαν τα δικά τους φυτά. Το παιδί έτσι μάθαινε να είναι υπεύθυνο» υποστήριξε ο κατηγορούμενος.
Αναφερόμενος στην δημιουργία της Κιβωτού, ο πατήρ Αντώνιος είπε πως όταν το 1998 τοποθετήθηκε στον Άγιο Γεώργιο στην Ακαδημία Πλάτωνος έβλεπε τα παιδιά της περιοχής πολλά εκ των οποίων ήταν παραβατικά, άλλα που δεν πήγαιναν σχολείο, «πολύ τραυματισμένα, παραμελημένα παιδιά» να περιφέρονται αργά την νύχτα στην πλατεία.
«Ήθελα να κάνω κάτι. Αποφάσισα να δημιουργήσω αθλητικά τμήματα μπάσκετ και ποδοσφαίρου, για να τα εντάξουμε σε ένα χώρο όπως η ενορία. Η πλατεία ήταν το στέκι τους. Αργά τη νύχτα τα έβλεπα να περιφέρονται και κατάλαβα ότι ήταν παιδιά παραμελημένα. Ακόμα και κλοπιμαία μοιράζονταν. Κάτι πρέπει να γίνει, έλεγα. Κατάλαβα ότι πολλά δεν πήγαιναν σχολείο.
Έτσι ονόμασα την οργάνωση Κιβωτό, για να βρίσκουν εκεί καταφύγιο. Δεν είχαν το μεσημέρι πού να φάνε ή πού να βρουν ένα χώρο να διαβάζουν. Καταφέραμε να τα γράψουμε στο σχολείο και να έρχονται το μεσημέρι, να τρώνε και να διαβάζουν. Ήθελα να τους μάθω να συγχωρέσουν κυρίως τους γονείς τους, πολλά ένιωθαν μίσος. Σε αυτό στοχεύαμε. Ο ρόλος μου ήταν κυρίως πνευματικός. Ήθελα να αποκτήσουν δεξιότητες» είπε.
