Το Σάββατο που μας πέρασε στο μοναστήρι αυτό έγινε Θεία Λειτουργία μετά από 600 χρόνια.
Ο αρχιτέκτονας και μηχανικός Ηρακλής Πυργιανάκης αφηγείται στο LIFO.gr την ιστορία του:
«Στα 1400μ.Χ. κυνηγημένος από το φανατικό Καθολικό Λατινικό Ιερατείο του Χάνδακα, ο Ιωσήφ Φιλάγρης, ορθόδοξος μοναχός, καταφεύγει στα Αστερούσια και ιδρύει την Μονή των Τριών Ιεραρχών στο Λουσούδι Καπετανιανών. Εδώ, στην Κρήτη, διδάσκει Αριστοτέλη – Πλάτωνα και τους λοιπούς Έλληνες φιλοσόφους μαζί με τα κείμενα των Πατέρων της εκκλησίας και αντιγράφει τα έργα όλων των μεγάλων της ελληνικής φιλοσοφίας.
Σήμερα, τα συγγράμματα αυτά βρίσκονται σε όλες τις μεγάλες βιβλιοθήκες του κόσμου, δηλαδή, πολύ απλά, εδώ λειτούργησε το πρώτο Ελληνικό πανεπιστήμιο. Από τότε πέρασαν 600 χρόνια, το μοναστήρι ρήμαξε, έγινε μάντρα. Τα τελευταία χρόνια έγιναν αρχαιολογικές ανασκαφές από τον μακαρίτη καθηγητή Αθανάσιο Παλιούρα και έφερε στο φως το μοναστήρι. Πέρυσι και φέτος αναστηλώθηκε ο Ναός των Τριών Ιεραρχών. Όλα αυτά έγιναν με δαπάνες της Ιεράς Μονής Κουδουμά, προεξέχοντος του Ηγουμένου Μακαρίου Σπυριδάκη. Η επίβλεψη έγινε από την Αρχαιολογική Υπηρεσία και τον Αρχιτέκτονα Ηρακλή Πυργιανάκη. Όλη η οικοπεδική έκταση που βρίσκεται το μοναστήρι δωρήθηκε στην Μονή Κουδουμά από τον μοναχό Ιλαρίωνα Σταματάκη.
Το Σάββατο 30 Ιανουαρίου 2016 λειτούργησε ξανά ο Ναός για πρώτη φορά μετά από 600 χρόνια και τα θυρανοίξια θα γίνουν εκτός απροόπτου την πρώτη εβδομάδα μετά το Πάσχα του 2016.»
Όταν το 2013 η ανασκαφή είχε αποκαλύψει αυτό το μοναστήρι, τα ΜΜΕ της εποχής είχαν γράψει:
«Ένα σπουδαίο κέντρο γραμμάτων και παιδείας των βυζαντινών χρόνων, που θα μπορούσε να θεωρηθεί και ως πρώτο ελληνικό πανεπιστήμιο, ανέσκαψε ο καθηγητής Αθ. Παλιούρας στην τοποθεσία Λουσούδι των Αστερουσίων, σε υψόμετρο 880 μ., κάτω από την κορυφή του Κόφινα!
Πρόκειται για το μοναστήρι των Τριών Ιεραρχών που ίδρυσε στα μέσα του 14ου αιώνα ο λόγιος μοναχός Ιωσήφ Φιλάγρης, ένας από τους πιο σημαντικούς σχολιαστές του Αριστοτέλη. Τον σημαντικό ρόλο του Φιλάγρη είχε αναδείξει το 1979 ο καθ. Γ. Παπάζογλου, στη διδακτορική διατριβή του με επιβλέποντα τον αείμνηστο καθηγητή Νίκο Παναγιωτάκη. Το ερειπωμένο μοναστήρι, που συνέχιζε να παραμένει άγνωστο, εντόπισε το 1992 ο δημοσιογράφος-συγγραφέας Νίκος Ψιλάκης και το περιέλαβε στο έργο του "Μοναστήρια και Ερημητήρια της Κρήτης".
Τα εντυπωσιακά στοιχεία της ανασκαφικής έρευνας παρουσιάστηκαν σήμερα [23 Σεπτεμβρίου 2013] από τον καθηγητή κ. Παλιούρα, παρόντων του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτη Γορτύνης & Αρκαδίας Μακαρίου, του Περιφερειάρχη Κρήτης Σταύρου Αρναουτάκη, της αντιπεριφερειάρχη Κρήτης Θεανώς Βρέντζου, του Ηγούμενου της Μονής Κουδουμά Αρχιμανδρίτη Μακάριου, του π. Ιλαρίωνα, του αρχιτέκτονα Ηρακλή Πυργιαννάκη, που ανάλαβε τη μελέτη αναστήλωσης του ημιερειπωμένου καθολικού, και των αρχαιολόγων συνεργατών της ανασκαφής Μαρίας Σηφάκη και Στυλιανής Καλλεντάκη.
Όπως αναφέρθηκε στη συνέντευξη τύπου, ο λόγιος μοναχός και αριστοτελικός σχολιαστής Ιωσήφ Φιλάγρης δραστηριοποιήθηκε σε μια έρημη περιοχή της Νότιας Κεντρικής Κρήτης (αναφέρεται και ως Ερημούπολις), όπου υπήρχαν διάσπαρτα μονύδρια, ασκηταριά και σπήλαια -χώροι διαμονής των ερημιτών, που συνέχιζαν τη μακραίωνη πορεία του ασκητικού βίου. Στην ευρύτερη περιοχή, άλλωστε, βρίσκεται το Αγιοφάραγγο, ιερός τόπος ασκητών και αγίων της Ορθόδοξης Εκκλησίας.
Ο κ. Παλιούρας αναφέρθηκε αναλυτικά όχι μόνο στο "Διδακτήριο - Πανεπιστήμιο" του Φιλάγρη, αλλά και σε μια τελευταία του ανακάλυψη: στο μοναστήρι των Τριών Ιεραρχών, στα ερημικά Αστερούσια, υπήρχε κέντρο αντιγραφής χειρογράφων. Εκεί, ο Ιωσήφ Φιλάγρης αντέγραφε κώδικες, χειρόγραφα και περγαμηνές, όχι μόνο των πατερικών κειμένων, αλλά και αρχαίων συγγραφέων, ιδιαίτερα, μάλιστα του Αριστοτέλη. Αξίζει να σημειωθεί, όπως επεσήμανε ο καθηγητής Παλιούρας, ότι την εποχή εκείνη ο Αριστοτέλης ήταν σε διωγμό σε ολόκληρη την Ευρώπη "λόγω του ότι ήταν ο θεμελιωτής των θετικών επιστημών. Η Καθολική Εκκλησία είχε εξαπολύσει ένα φοβερό διωγμό των έργων του. Οι κώδικες του Φιλάγρη μαρτυρούν μια πρώιμη πνευματική αναγέννηση και τα χειρόγραφά του διασώζονται σήμερα σε μεγάλες βιβλιοθήκες του Λονδίνου, της Βιέννης, του Παρισιού, του Βουκουρεστίου, κ.α."
Μιλώντας για το βιβλιογραφικό εργαστήριο ο κ. Παλιούρας τόνισε: "Ανασκάπτοντας τον χώρο της μονής εντοπίσαμε ένα παραλληλόγραμμο δωμάτιο που έχει ακριβώς την τυπολογία των σκριπτορίων. Είναι το πρώτο βιβλιογραφικό εργαστήριο που ανακαλύπτουμε σε ολόκληρο τον Ελλαδικό χώρο».
Η αρχαιολογική έρευνα άρχισε πέρυσι [2012] και αφού πρώτα η οικογένεια Γρ. Σταματάκη από τα Καπετανιανά, στην οποία ανήκει ο χώρος, πρόσφερε το ναό και τον περίβολό του στη Μονή Κουδουμά.
Ιστορικά στοιχεία: Ο Ιωσήφ Φιλάγρης, επειδή είχε να αντιμετωπίσει την απαγόρευση της διδασκαλίας της ελληνικής γλώσσας από τους Βενετούς κατακτητές και την καταπίεση της προπαγάνδας των ρωμαιοκαθολικών της Κρήτης, βρήκε πρόσφορο έδαφος στον απομακρυσμένο χώρο του Κόφινα, όπου έστησε το Μοναστήρι του, και με τους φοιτητές του, στους οποίους δίδασκε ελληνική φιλολογία, Πατέρες της Εκκλησίας, Μαθηματικά και Ιατρική, ανέπτυξε σε τρία σημεία τη δράση του:
α. Διδασκαλία της Ελληνικής Γλώσσας σε υψηλό επίπεδο.
β. Αντιρρητική Θεολογία, όπου μαζί με τους σύγχρονούς του σπουδαίους θεολόγους Ιωσήφ Βρυέννιο και Νείλο Δαμιλά ανασκεύαζαν τις κακοδοξίες των καθολικών.
γ. Αντέγραφε κώδικες με πατερικά κείμενα, αλλά και με έργα του Αριστοτέλη, το έργο του οποίου βρισκόταν σε διωγμό από την καθολική Εκκλησία. Σώζονται έργα του Αριστοτέλη που εγράφησαν «διά χειρός Ἰωσήφ Φιλάγρη, μοναχοῦ τοῦ Κρητός καί τῶν αὐτοῦ φοιτητῶν ἐν τῇ μονῇ τῶν Τριῶν Ἱεραρχῶν, κάτωθι Κωφηνίου Ὄρους εἰς θέσιν Λουσούδι», στο Λονδίνο, στο Παρίσι, στη Ρώμη, στο Βουκουρέστι, στο Άγιον Όρος κλπ.
Η ανασκαφή, κάτω από δυσμενείς καιρικές συνθήκες, ευτύχησε να αποκαλύψει ως σήμερα σειρά κελιών, το μαγκιπείον (κουζίνα), την Τράπεζα, αποθηκευτικούς χώρους, το Αρχονταρίκι και το σημαντικότερο όλων: το Scriptorium, δηλαδή το βιβλιογραφικό εργαστήριο, όπου ο Φιλάγρης και οι φοιτητές του αντέγραφαν τα χειρόγραφα, έργα των Πατέρων και ιδιαίτερα έργα του Αριστοτέλη, τον οποίο μάλιστα ο ίδιος ο Φιλάγρης σχολίαζε.
