Την οργισμένη αντίδραση των ΑΝ.ΕΛ προκάλεσαν οι δηλώσεις του Νίκου Κοτζιά στη γερμανική εφημερίδα Frankfurter Allgemeine Zeitung, όπου ο υπουργός Εξωτερικών ισχυρίστηκε ότι η συμφωνία των Πρεσπών θα περάσει από την ελληνική Βουλή με πλειοψηφία άνω των 150 ψήφων, με τη συνδρομή κάποιων βουλευτών των ΑΝΕΛ και του Ποταμιού.
«Στο ζήτημα του σχεδίου συμφωνίας των Πρεσπών και για τη διαδικασία ψήφισής του, όταν και εάν έρθει στο Ελληνικό Κοινοβούλιο, υπήρξε σαφής τοποθέτηση του κυβερνητικού εκπροσώπου. Οποιαδήποτε άλλη προσέγγιση εκφράζει προσωπικές εκτιμήσεις και σε κάθε περίπτωση ο καθένας θα πρέπει να περιορίζεται "στα του οίκου του"» ανέφερε χαρακτηριστικά ο εκπρόσωπος των ΑΝΕΛ Θεόδωρος Τοσουνίδης.
Ο κ. Τοσουνίδης δήλωσε ακόμα ότι «η σημερινή κυβέρνηση, από την αρχή του βίου της (Σεπτέμβριος 2015), είναι κυβέρνηση δύο συνεργαζόμενων κομμάτων, των "Ανεξάρτητων Ελλήνων" και του ΣΥΡΙΖΑ. Εκφράζεται επισήμως διά μέσου του κυβερνητικού εκπροσώπου, ο οποίος μεταφέρει την κοινή συνισταμένη μεταξύ των δύο πολιτικών ηγετών, του Πάνου Καμμένου και του Αλέξη Τσίπρα».
Όπως τόνισε «η θέση των "Ανεξάρτητων Ελλήνων" και της Κοινοβουλευτικής τους Ομάδας παραμένει αδιαπραγμάτευτη: καμία χρήση του ονόματος της Μακεδονίας στην ονομασία του γειτονικού κράτους».