Γύρω στο 1890 το εντυπωσιακό φρούριο με τους επτά πύργους (που βλέπουμε όπως είναι σήμερα, στο βίντεο πάνω) πρωτοχρησιμοποιήθηκε ως φυλακή και γι' αυτή τη μετατροπή καταστράφηκαν όλα τα προηγούμενα κτήρια που υπήρχαν στο εσωτερικό του κάστρου, από τα οποία κανένα ίχνος επιζεί σήμερα. Οι αλλαγές στις οχυρώσεις δεν ήταν σημαντικές, αν και ο πρωταρχικός τους ρόλος αντιστράφηκε: από την προστασία των κατοίκων από την εξωτερική απειλή, τώρα υπηρετούσε για την απομόνωση κρατουμένων από τον έξω κόσμο.
Η φυλακή αυτή στέγαζε για καιρό τις κύριες εγκαταστάσεις σωφρονισμού της πόλης, όπου κρατούνταν φυλακισμένοι ανεξαρτήτως φύλου ή εγκλήματος. Νέα κτίρια χτίστηκαν κατά μήκος των δύο πλευρών των τειχών, ώστε να βελτιωθεί η λειτουργικότητα του νέου σωφρονιστικού κέντρου.
Το Γεντί Κουλέ είχε αποκτήσει έξτρα κακή φήμη κατά τη διάρκεια του καθεστώτος Μεταξά, της Κατοχής, και στη μεταπολεμική περίοδο από τον Ελληνικό Εμφύλιο Πόλεμο μέχρι και τη Χούντα.
Η εσωτερική αυλή ήταν χωρισμένη από φράχτες σε πέντε ξεχωριστές μονάδες και στο κέντρο τους στεγάστηκε το κεντρικό παρατηρητήριο. Η φυλακή διέθετε εκκλησάκι και άλλα παραρτήματα, ενώ το παράρτημα που βρισκόταν βόρειο-ανατολικό πύργο καταστράφηκε κατά τη διάρκεια του Δευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου. Τα εξωτερικά κτίρια, στη νότια πλευρά του κάστρου, στεγαζόταν η διοίκηση, η φυλακή των γυναικών, και προς τα δυτικά, τα κελιά απομόνωσης.
Το κέντρο αυτό είχε αποκτήσει έξτρα κακή φήμη κατά τη διάρκεια του καθεστώτος Μεταξά, της Κατοχής, και στη μεταπολεμική περίοδο από τον Ελληνικό Εμφύλιο Πόλεμο μέχρι και τη Χούντα.
«Το αμυντικό συγκρότημα του Επταπυργίου χτίστηκε στο σημείο όπου προϋπήρχε φρούριο του 9ου αιώνα και είναι έργο της εποχής των Παλαιολόγων (14ος αι.)», γράφει ο Σωτήρης Κοϊκόπουλος. «Το αυτοτελές φρούριο του Επταπυργίου βρίσκεται στο βορειοανατολικό άκρο των τειχών της Θεσσαλονίκης, εντός της Ακρόπολης, που ήταν ο ύστατος προμαχώνας άμυνας. Ολόκληρη η ακρόπολη φιλοξενούσε τόσο το Επταπύργιο, όσο και ένα αυτοτελές σύστημα πύργων, πυλών και τειχών που διέθετε και έναν οικιστικό ιστό. Γι΄αυτό και στις πηγές, οι κάτοικοι της Ακρόπολης λέγονται «κουλαϊτες» (πυργιώτες), σε αντίθεση με τους πολίτες της κάτω πόλης, τους «Βουργεσίους». Το Επταπύργιο συντηρήθηκε από τους πρώτους Οθωμανούς, μετά την άλωση της πόλης το 1430. Ο μεσαίος πύργος της εισόδου, ο έβδομος πύργος κατασκευάστηκε το 1431 από τον Τσαούς Μπέη, πρώτο διοικητή της Θεσσαλονίκης. Αυτή η τελευταία προσθήκη είναι ο πύργος του Γεντί Κουλέ, ο οποίος έδωσε το όνομά του σε όλο το φρουριακό συγκρότημα.
Το Φρούριο του Επταπυργίου αποτελείται από το βυζαντινό φρούριο, το οποίο συνθέτουν συνολικά δέκα πύργοι με τα μεταξύ τους μεσοπύργια διαστήματα και τον περίδρομο, καθώς και τα νεότερα κτίσματα των φυλακών, που έχουν κτιστεί εντός κι εκτός του φρουρίου. Οι πύργοι της βόρεια πλευράς αποτελούν τμήματα του παλαιοχριστιανικού τείχους της Ακρόπολης, ενώ αυτοί της νότιας προστέθηκαν πιθανότατα κατά τους μεσοβυζαντινούς χρόνους, σχηματίζοντας τον κλειστό πυρήνα του φρουρίου.
Οι θρυλικές φυλακές του πολυτραγουδισµένου Γεντί Κουλέ, το κελί 33 και οι σιδερένιες πόρτες του κλείνουν οριστικά το 1989. Οι διαβόητες φυλακές ήταν τόπος µαρτυρίου και εγκλεισµού για όλο τον 20ο αιώνα καθώς και τόπος φυλάκισης πολιτικών κρατούµενων.
Το φρούριο παραδόθηκε στο Υπουργείο Πολιτισμού, ανακαινίστηκε και σήμερα λειτουργεί σαν επισκέψιμο μνημείο.
