Το Μουσείο στεγάζεται σε ιστορικό κτίριο με νεοκλασικά χαρακτηριστικά, σε κεντρικό σημείο της πόλης. Κτίστηκε μεταξύ 1885-1889 με δωρεά του Κωνσταντίνου Ξενοκράτη, εθνικού ευεργέτη από την ανατολική Θράκη, ως Δημοτικό Παρθεναγωγείο, και λειτούργησε για πολλά χρόνια ως σχολείο. Πρόκειται για διατηρητέο κτίσμα, χαρακτηρισμένο ως "χαρακτηριστικό δείγμα σχολικού κτιρίου του τέλους του 19ου αιώνα και ιστορικό τεκμήριο αρχιτεκτονικής που συνέβαλε στην αρχιτεκτονική και πολεοδομική εξέλιξη της Ιεράς Πόλεως του Μεσολογγίου."
Το Ξενοκράτειο Αρχαιολογικό Μουσείο Ι. Π. Μεσολογγίου αποτελεί το κεντρικό Αρχαιολογικό Μουσείο της Περιφερειακής Ενότητας Αιτωλοακαρνανίας, στο οποίο παρουσιάζεται η πολιτιστική κληρονομιά και ο αρχαιολογικός πλούτος της περιοχής. Το κτίριο παραχωρήθηκε στο Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού το 2011 από το Δήμο Ι.Π. Μεσολογγίου για τη δημιουργία αρχαιολογικού μουσείου. Το Ξενοκράτειο Μουσείο Ι. Π. Μεσολογγίου σχεδιάστηκε από την αρχή, όχι μόνο ως ένας μουσειακός χώρος στον οποίο θα παρουσιάζονται και θα αναδεικνύονται σημαντικά αρχαιολογικά ευρήματα, αλλά και ως ένα ιστορικό κτίριο που θα αναβιώσει και θα αποτελέσει στο εξής ζωντανό σημείο αναφοράς στη ζωή της σύγχρονης πόλης του Μεσολογγίου. Οι αρχαιολογικές συλλογές του μουσείου περιλαμβάνουν περισσότερα από 1200 αντικείμενα από όλη την Αιτωλοακαρνανία, τα οποία αφορούν σε ευρήματα παλαιών, αλλά κυρίως πρόσφατων ανασκαφών. Τα εκθέματα καλύπτουν χρονικά από τους προϊστορικούς έως και τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους (100.000 π. Χ. – 3ος αι. μ.Χ.). Τα περισσότερα από αυτά εκτίθενται για πρώτη φορά στο κοινό ενώ ένα μεγάλο μέρος τους προέρχεται από ανασκαφές που διενεργήθηκαν τα προηγούμενα χρόνια κατά την κατασκευή μεγάλων δημόσιων έργων. Ανάμεσά τους περιλαμβάνονται και ορισμένα εξαιρετικά σπάνια σύνολα ευρημάτων.
