Ο Γκόγια γεννήθηκε στις 30 Μαρτίου 1746 στο Φουεντετόδος της Ισπανίας και σε ηλικία δεκατεσσάρων ετών ξεκίνησε μαθήματα ζωγραφικής στην Ακαδημία Καλών Τεχνών της Σαραγόσα, όπου ζούσε με την οικογένειά του. Το 1765 πηγαίνει στη Μαδρίτη και μαθητεύει δίπλα στον Φρανσίσκο Μπαγέ, το 1771 ταξιδεύει στη Ρώμη, όπου συνεχίζει τις σπουδές του, και το 1773 παντρεύεται την αδελφή του δασκάλου του, Χοσέφα Μπαγέ. Έναν χρόνο αργότερα εγκαθίσταται στη Μαδρίτη, όπου φτιάχνει προσχέδια για το Βασιλικό Ταπητουργείο της Αγίας Βαρβάρας με θέματα εμπνευσμένα από την καθημερινότητα, ενώ το 1779 προάγεται σε ζωγράφο της βασιλικής αυλής. Το 1780 υποβάλλει τον πίνακα «Ο Εσταυρωμένος Χριστός» στη Βασιλική Ακαδημία Καλών Τεχνών του Σαν Φερνάντο και γίνεται δεκτός, μετά από δύο αποτυχημένες προσπάθειες. Στις 25 Ιουνίου του 1786 ο Κάρολος Γ' τον χρίζει επίσημο ζωγράφο της βασιλικής οικογένειας της Ισπανίας. Υπό την προστασία του διαδόχου του Καρόλου Δ', ο Γκόγια θα γίνει διάσημος και αγαπητός, ενώ το 1799 θα ανακηρυχθεί Πρώτος Ζωγράφος της Αίθουσας του Βασιλιά.
Αν και ήταν αναγνωρισμένος ζωγράφος όσο ζούσε, δεν επηρέασε ιδιαίτερα την καλλιτεχνική ζωή της εποχής του, καθώς είχε λιγοστούς μαθητές – ο Ευγένιος Ντελακρουά είναι εκείνος που θα τον «συστήσει» στους Γάλλους ρομαντικούς ζωγράφους.
Αν και ήδη από το 1792 αντιμετώπιζε σοβαρά προβλήματα υγείας, εξαιτίας των οποίων έχανε σταδιακά την ακοή του, συνέχισε να ξεδιπλώνει το ταλέντο του, δημιουργώντας προσωπογραφίες γεμάτες αλληγορίες που αποτύπωναν τον ψυχικό κόσμο των προσώπων, χωρίς καμία πρόθεση ωραιοποίησης. Η «Οικογένεια του Καρόλου Δ'» (1801) είναι αποκαλυπτική των διαθέσεων του ζωγράφου, οι οποίες δεν έγιναν τότε αντιληπτές χάρη στη λαμπρότητα με την οποία απεικόνισε τα εντυπωσιακά όσο και πανάκριβα ενδύματα της βασιλικής οικογένειας: τα πρόσωπα μοιάζουν κακοζωγραφισμένα, πρόκειται σχεδόν για καρικατούρες, ενώ η κενότητα στο βλέμμα του βασιλιά εντυπωσιάζει –όσο για την παρουσία της βασίλισσας Λουίζας, με το ματαιόδοξο και υπεροπτικό ύφος, στο κέντρο του πίνακα, κάθε άλλο παρά τυχαία είναι, καθώς εκείνη ήταν που ουσιαστικά κινούσε τα πολιτικά νήματα. Ο Γάλλος ποιητής Θεόφιλος Γκοτιέ είχε πει χαρακτηριστικά, σχολιάζοντας το έργο, ότι τα πρόσωπα μοιάζουν περισσότερο με τον τοπικό φούρναρη και την οικογένειά του που κέρδισαν στη λοταρία.
Αυτή δεν ήταν η μοναδική φορά που ο ζωγράφος δεν χαρίστηκε στον μαικήνα του. Το 1799 κυκλοφορεί τη δημοφιλή σειρά «Los Caprichos» (Τα Καπρίτσια), η οποία αποτελείται από 80 χαρακτικά που ασκούν κριτική στη διεφθαρμένη άρχουσα τάξη, στον Κλήρο και στην Ιερά Εξέταση, ενώ περιγράφουν με καυστικό τρόπο τα δεινά του ισπανικού λαού – λίγες μέρες μετά θα απαγορευτεί η κυκλοφορία τους. Το χαρακτικό που ξεχωρίζει κι έχει τον τίτλο «Ο ύπνος της λογικής γεννά τέρατα» είναι μια σαφής αναφορά στην ήττα του Διαφωτισμού στη Γαλλία και ουσιαστικά προαναγγέλλει τη μοίρα της Ισπανίας: το 1808 ο Ναπολέων εισβάλλει στη χώρα και ο ισπανικός στρατός, που διοικείται από διεφθαρμένους και φιλόδοξους στρατιωτικούς, διαλύεται. Ο Γκόγια, απογοητευμένος αλλά και διχασμένος, καθώς συμφωνούσε με κάποιες από τις μεταρρυθμίσεις που ευαγγελίζονταν οι Γάλλοι, θα παραμείνει τελικά ζωγράφος της Αυλής και θα φιλοτεχνήσει τις προσωπογραφίες Ισπανών και Γάλλων στρατιωτικών αλλά και του Ιωσήφ Βοναπάρτη, που θα καθίσει στον ισπανικό θρόνο. Όμως το σπουδαιότερο έργο αυτής της περιόδου είναι μια σειρά χαρακτικών γεμάτων αίμα και θάνατο με τίτλο «Οι συμφορές του πολέμου». Ο ζωγράφος, χωρίς να παίρνει τη θέση της μίας ή της άλλης πλευράς, καταγγέλλει τις αγριότητες του πολέμου – θα αποφασίσει όμως να κρύψει τα χαρακτικά, τα οποία θα γίνουν γνωστά 35 χρόνια μετά τον θάνατό του. Μετά την ήττα του Ναπολέοντα το 1813 και την παραίτηση του Ιωσήφ, ανεβαίνει στον ισπανικό θρόνο ο Φερδινάνδος Ζ', ο οποίος κρατά τον Γκόγια στην Αυλή, λέγοντάς του, σύμφωνα με την παράδοση: «Θα σου άξιζε να αποκεφαλιστείς, είσαι όμως σπουδαίος καλλιτέχνης, οπότε σε συγχωρούμε!».
Το 1814 ο Γκόγια ολοκληρώνει δύο από τους διασημότερους και βαθύτατα αντιπολεμικούς πίνακές του. Τιτλοφορούνται «Η 2α Μαΐου 1808» και «Η 3η Μαΐου του 1808», και είναι βασισμένοι σε πραγματικά γεγονότα. Μέσα από αυτούς προβάλλει ανάγλυφα όλος ο πόνος που του είχε προκαλέσει η γαλλική κατοχή. Τη 2α Μαΐου οι κάτοικοι της Μαδρίτης εξεγέρθηκαν εναντίον των Γάλλων κατακτητών και η επανάσταση καταπνίγηκε από τους Μαμελούκους που έστειλε ο Βοναπάρτης – ο Γκόγια ζωγράφισε τη στιγμή της επίθεσης των σκληροτράχηλων Αράβων. Όσοι επαναστάτες συνελήφθησαν, εκτελέστηκαν στις 3 Μαΐου με εντολή του Ιωσήφ και ο ζωγράφος απεικονίζει με σπαρακτικό τρόπο τις μαζικές εκτελέσεις – ο πίνακας επηρέασε ιδιαίτερα τον Πικάσο όταν δημιούργησε την «Γκουέρνικα». Την ίδια χρονιά ο Γκόγια θα κληθεί σε απολογία από την Ιερά Εξέταση για τον πίνακα «Η γυμνή μάχα» που είχε ζωγραφίσει γύρω στα 1800 και θεωρείται ένα από τα σπουδαιότερα γυμνά της ισπανικής τέχνης. «Μάχας» αποκαλούσαν στην Ισπανία όσες ανήκαν στα κατώτερα κοινωνικά στρώματα και το έργο απεικονίζει την πρώτη ολόγυμνη γυναίκα στην ιστορία της δυτικής τέχνης που δεν είναι μυθολογικό πρόσωπο. Εικάζεται ότι τον πίνακα είχε παραγγείλει ο υπουργός Μάνουελ Γκοντόι, ο οποίος είχε την απαραίτητη ισχύ ώστε να παρακάμψει την απαγόρευση του γυναικείου γυμνού που ίσχυε τότε στην Ισπανία – αργότερα ο Γκόγια θα ζωγραφίσει και μια πανομοιότυπη «Ντυμένη μάχα». Ο ζωγράφος θα γλιτώσει την τιμωρία από την Ιερά Εξέταση, καθώς θα τον υποστηρίξει με ένταση ο Antonio Maria Galarza που ήταν μέλος της και συγγενής της πεθεράς του γιου του Χαβιέ. Το μοντέλο του πίνακα παραμένει άγνωστο μέχρι σήμερα, με ένα από τα δημοφιλέστερα σενάρια να υποστηρίζει ότι πρόκειται για την εκκεντρική Δούκισσα της Άλμπα, την οποία είχε ζωγραφίσει επανειλημμένως ο Γκόγια, ενώ κατ' άλλους ήταν και μυστική ερωμένη του – σε ένα ολόσωμο πορτρέτο της, εξάλλου, η γυναίκα δείχνει χαραγμένη στην άμμο μπροστά της τη φράση «Solo Goya» (Μόνο ο Γκόγια).
Με το πέρασμα των χρόνων, ο ζωγράφος παύει εντελώς να ακούει και αρχίζει να εμφανίζει ψυχολογικά προβλήματα. Επιδιώκοντας να απομονωθεί κι έχοντας χάσει τη γυναίκα του και έξι από τα επτά παιδιά του, αγοράζει ένα σπίτι έξω από τη Μαδρίτη, το επονομαζόμενο «Η έπαυλη του κουφού». Ζώντας εκεί με την υπηρέτριά του και την κόρη της, χωρίς καμία επαφή με τον έξω κόσμο, θα ζωγραφίσει 14 τοιχογραφίες που θα γίνουν γνωστές ως «μαύροι πίνακες». Η δημιουργία τους θα συμπέσει με την επιδείνωση της υγείας του, αποτελώντας έκφραση της φρίκης και της απόγνωσής του. Τα απόκοσμα, εφιαλτικά και αλληγορικά αυτά έργα −με πιο γνωστό αυτό με τον τίτλο «Ο Κρόνος καταβροχθίζει τον γιο του»−, που έχουν ως θέμα τους το κακό, θα θεωρηθούν, λόγω της ωμότητάς τους, προϊόντα ενός διαταραγμένου μυαλού και θα εκτιμηθούν πολύ αργότερα, αρχικά από τους ιμπρεσιονιστές. Το 1824, καθώς το απολυταρχικό καθεστώς εντείνει τις πιέσεις στα φιλελεύθερα και αντιμοναρχικά στοιχεία, ο Φρανθίσκο Γκόγια, αποκαρδιωμένος, αποφασίζει να εγκαταλείψει την αγαπημένη του Ισπανία. Πηγαίνει αρχικά στο Παρίσι και στη συνέχεια στο Μπορντό, όπου θα ζήσει, χωρίς να σταματήσει να εργάζεται, μέχρι τον θάνατό του στις 16 Απριλίου του 1828. Ανάμεσα στα τελευταία του έργα συγκαταλέγεται μια σειρά λιθογραφιών με θέμα τις ταυρομαχίες και μερικές προσωπογραφίες φίλων του που αναγκάστηκαν, όπως αυτός, να εγκαταλείψουν την Ισπανία. Το 1901 τα οστά του θα μεταφερθούν στη Μαδρίτη και θα ταφούν στην εκκλησία του Αγίου Αντωνίου δε λα Φλόριδα, την οποία είχε διακοσμήσει με νωπογραφίες ο ζωγράφος το 1798. Μετά τον θάνατό του, ο Φερδινάνδος Ζ' θα φροντίσει να «εξαφανίσει» τα έργα του, τα οποία μέχρι το 1872 δεν θα εκτεθούν ποτέ στο κοινό – η ανάγκη του Γκόγια να παρουσιάζει αφτιασίδωτη την αλήθεια δεν τον καθιστούσε ιδιαίτερα αγαπητό στον στυγνό μονάρχη. Αν και ήταν αναγνωρισμένος ζωγράφος όσο ζούσε, δεν επηρέασε ιδιαίτερα την καλλιτεχνική ζωή της εποχής του, καθώς είχε λιγοστούς μαθητές – ο Ευγένιος Ντελακρουά είναι εκείνος που θα τον «συστήσει» στους Γάλλους ρομαντικούς ζωγράφους. Σήμερα, ο «πρίγκιπας» του ευρωπαϊκού ρομαντισμού, εκείνος που κατά τον Ν.Μ. Μπράουν «ενοποίησε μοναδικά στο έργο του την υποκουλτούρα και το υποσυνείδητο», θεωρείται ένας από τους πρώτους «μοντέρνους» καλλιτέχνες και συγκαταλέγεται ανάμεσα στους μείζονες ζωγράφους, ενώ κάθε μουσείο που φιλοξενεί έργα του καθίσταται πόλος έλξης για τους φιλότεχνους.